對人和生物有害的微生物、寄生蟲等病原體和變應(yīng)原等污染水、氣、土壤和食品,影響生物產(chǎn)量和質(zhì)量,危害人類健康，這種污染稱為生物污染。

 水、氣、土壤和食品中的有害生物主要來源于生活污水、醫(yī)院污水、屠宰、食品加工廠污水、未經(jīng)無害化處理的垃圾和人畜糞便，以及大氣中的飄浮物和氣溶膠。其中主要含有危害人與動物消化系統(tǒng)和呼吸系統(tǒng)的病原菌、寄生蟲，引起創(chuàng)傷和燒傷等繼發(fā)性感染的溶血性鏈球菌、金黃色葡萄球菌等，以及可引起呼吸道、腸道和皮膚病變的花粉、毛蟲毒毛、真菌孢子等大氣變應(yīng)原。這些有害生物對人和生物的危害程度主要取決于微生物和寄生蟲的病原性、人和生物的感受性以及環(huán)境條件三個因素。

空氣中的微生物多數(shù)是借助土壤以及人和生物體傳播,或借助大氣飄浮物和水滴傳播。飄浮物以及病人、病畜等的噴嚏、咳嗽等排泄物和分泌物所攜帶的微生物中，常見的有桿菌(如無色桿菌、芽孢桿菌)、球菌(如細球菌、八疊球菌)、霉菌、酵母菌和放線菌等腐生性微生物(見大氣生物污染)。地面的微生物、大氣中飄浮的微生物均可進入水中而污染水體。河川、湖泊淡水中微生物的數(shù)量一般取決于季節(jié)、降雨量和流入水量。鄰近城鎮(zhèn)的水體，含有害微生物和寄生蟲卵較多。地下水如井水、泉水，埋藏愈深，微生物愈少。受污染的水體可帶有傷寒、痢疾、結(jié)核桿菌和大腸桿菌，還有螺旋體和病毒。水體中的寄生蟲有血吸蟲(卵和毛蚴)、痢疾變形蟲、線蟲、賈第蟲以及一些有害昆蟲如蚊、蚋、舌蠅等的幼蟲。海水中病原菌比淡水少，但海濱、港口因接納污水，也常含有病原菌(見水體生物污染)。水生生物中常帶有致病菌。魚的受污染部位主要是口腔、鰓、胃、腸及排泄腔等。貝類中與病原菌關(guān)系密切的是牡蠣，它可傳播傷寒。土壤中分布最廣的是腸道致病性原蟲和蠕蟲類，有的寄生在動、植物體內(nèi)，有的通過土壤穿透皮膚進入人體，有的病毒也可通過土壤使人感染。有些微生物如結(jié)核桿菌，可在干燥細小的土壤顆粒中生存很長時間，以后隨風進入空氣，再被人畜吸入而引起感染。土壤的生物污染不僅可引起人畜疾病，還能使農(nóng)業(yè)生產(chǎn)遭受嚴重損失(見土壤生物污染)。

有害微生物和寄生蟲或卵污染食品，可使食品腐敗或產(chǎn)生毒素，使人食后中毒，或使人患寄生蟲病。飼料受霉菌如黃曲霉的毒素污染，可使魚和哺乳動物誘發(fā)原發(fā)性肝癌。玉米、花生、稻米、小麥、高粱、小米等都會受到黃曲霉毒素的污染。在食品中繁殖產(chǎn)生毒素的有肉毒桿菌和葡萄球菌，還有使胃腸道發(fā)生急性炎癥的腸炎沙門氏菌、鼠傷寒沙門氏菌和豬霍亂沙門氏菌等。含有炭疽桿菌的肉食品，人食用后也會得病(見食品生物污染)。

各種病原微生物在水中存活的時間各不相同，并與水質(zhì)、水溫、pH值等因素有關(guān)。如沙門氏菌在水溫較低和水中營養(yǎng)物較多時存活時間較長;志賀氏菌在清潔水中較在污水中存活時間長;霍亂弧菌在雜菌多的水中存活時間較短，水的pH值在5.6以下時,即不能生存;病毒一般在水溫較低的條件下存活時間較長。微生物在空氣中的生長和繁殖，同空氣濕度、溫度和光線等因素有關(guān)。在空氣中生存時間較長的是一些有孢子或芽孢的微生物。土壤中病原蟲和寄生蟲的生存時間則與土質(zhì)、水分、溫度、pH值，以及有無某些寄生物的中間宿主等因素有關(guān)。食品則由于種類繁多，性質(zhì)各異，在一定的外界條件下，適于一定的微生物生存。

水體受氮、磷等物質(zhì)污染，引起藻類及其他水生生物大量繁殖而產(chǎn)生的富營養(yǎng)化，也是水體生物污染的一種現(xiàn)象。

防止生物污染必須采取綜合防治措施。要嚴格控制污染源;加強對病原生物在環(huán)境中傳布途徑的研究，以便采取適當?shù)姆椒?物理的、化學的或生物的)進行防治;還要注意工業(yè)的合理布局以及生產(chǎn)過程的消毒和檢驗措施(如植物種子的消毒浸種、拌種、有機肥料的無害化處理、食品生產(chǎn)的嚴格衛(wèi)生檢驗等)。